在紅斑狼瘡的治療時，急性活動期應臥床休息。慢性期或病情已穩定者可適當參加工作，精神和心理治療很重要。病人應定期隨訪，避免誘發因素和刺激，避免皮膚直接暴露于陽光。生育期婦女應嚴格避孕。
有光過敏的病人，應避免皮膚直接暴露于陽光，可用陽傘或草帽，穿長袖衣服或局部用對氨苯甲酸保護皮膚。有雷諾現象的病人應注意保暖，適當服用血管擴張藥物。
在疾病活動期應避免妊娠，避孕藥宜用只含孕激素或雌激素含量很低的避孕藥，或采用其他避孕方法，如用陰道隔膜等，雌激素有可能引起狼瘡復發。從未生育者，在病情穩定未滿1年，未經醫生同意，應避免妊娠。當病情長期控制或緩解后，可以考慮婚姻和生育。
病人除必須用的藥物外，切忌隨意用藥。除很多藥能引起藥物性狼瘡外，不斷有報道一些新藥引起狼瘡表現或狼瘡加重，如降血壓的卡托普利，α或γ—干擾素等。
西醫治療
(一)非甾體類抗炎藥 ：這些藥能抑制前腺素合成，可做為發熱、關節痛、肌痛的對癥治療。如消炎痛對SLE的發熱、胸膜、心包病變有良好效果。由于這類藥物影響腎血流量，合并腎炎時慎用。
(二)抗瘧藥 ：氯喹口服后主要聚集于皮膚，能抑制DNA與抗DNA抗體的結合，對皮疹，光敏感和關節癥狀有一定療效，磷酸氯喹250-500mg/d，長期服用因在體內積蓄，可引起視網膜退行性變。早期停藥可復發，應定期檢查眼底。
(三)糖皮質激素 ：是治療該病的主要藥物，適用于急性或暴發性病例，或者主要臟器如心、腦、肺、腎、漿膜受累時，發生自身免疫性溶血或血小板減少作出血傾向時，也應用糖皮質激素。
用法有兩種，一是小劑量，如0.5mg/kg/d，甚至再取其半量即可使病情緩解。二是大劑量，開始時即用10-15mg/d維持。減量中出現病情反跳，則應用減量前的劑量再加5mg予以維持。大劑量甲基強的松龍沖擊治療可應用于暴發性或頑固性狼瘡腎炎和有中樞神系統病變時，1000mg/d靜脈滴注，3日后減半，而后再用強的松維持。其些病例可取得良好療效，其副作用如高血壓，易感染等應予以重視。
(四)免疫抑制劑 ：主要先用于激素減量后病情復發或激素有效但需用量過大出現嚴重副作用，以及狼瘡腎炎，狼瘡腦病等癥難以單用激素控制的病例。如環磷酰胺.15-2.5mg/kg/d，靜脈注射或口服，或200mg隔日使用。毒副作用主要是骨髓抑制、性腺萎縮、致畸形、出血性膀胱炎、脫發等。應當注意的是，細胞毒藥物并不能代替激素。
(五)其他藥物 ：如左旋咪唑，可增強低于正常的免疫反應，可能對SLE患者合并感染有幫助。用法是50mg/d，連用三天，休息11天。副作用是胃納減退，白細胞減少。
抗淋巴細胞球蛋白(ALG)或抗胸腺細胞球蛋白(ATG)是大量用于治療重癥再障的免疫抑制劑，具有較高活力的T淋巴細胞毒性和抑制T淋巴細胞免疫反應的功能，一些醫院用于治療活動性SLE，取得滿意療效。用法是20-30mg/kg/d，稀釋于250-500ml生理鹽水，緩慢靜脈滴注，連用5-7天，副作用是皮疹、發熱、全身關節酸痛、血小板一過性減少和血清病。若同時加用激素可使之減輕。
(六)血漿交換療法 ：通過去除病人血漿，達到去除血漿中所含免疫復合物、自身抗體等，后輸入正常血漿。效果顯著，但難持久，且價格昂貴，適用于急重型病例。
中醫治療
中醫治療紅斑狼瘡的方法有多種，其中有藥物療法及其它療法。藥物療法就是平時大家常用的中藥，其它療法包括針灸、按摩、局部封閉、理療等，這些療法大多是針對紅斑狼瘡的某一癥狀采用的對癥療法。
口服中藥治療紅斑狼瘡又有中醫辨證論治法，一病一方用藥法，單方驗方治療法及中成藥治療等。其中辨證論治方法照顧面廣，靈活性大，又有求因治療的特點，是值得采取的治療措施之一，但因系統性紅斑狼瘡損害廣泛，癥狀復雜多變，臨床上每個醫生對該病的認識不盡一致，因此各醫家在辨證分型及選方用藥上見解不一，根據全國多數醫家總結出的各種臨床辨證施治類型，綜合各家的見解及臨床經驗，中國國家中醫藥管理局發布了紅蝴蝶斑辨證標準，辨證分為六個癥型，分別為熱毒熾盛型、陰虛內熱型、肝腎陰虛型、邪熱傷肝型、脾腎陰虛型及風濕熱痹型，大致包括了系統性紅斑狼瘡的急性活動期，穩定期及臟器損傷的一些情況，根據各癥型的臨床表現，分別選用不同的治療方劑及藥物。一病一方用藥法則是根據紅斑狼瘡病的變化規律，抓住該病的主要病機，針對病機設定治療方劑，以一方統治，其中有的用滋陰補腎法，有的用活血化瘀法，有的用解毒清熱法，有的用祛風除痹法等。
在分型施治及一病一方用藥中使用最多的傳統成方有清熱地黃湯、六味地黃湯、補中益氣湯、濟生腎氣丸、生脈飲、歸脾湯、牛黃清心丸、四物湯、、左歸丸等。應用更多的則是每個醫生根據自己的經驗創制的自擬方劑，在這些方劑中常用的藥物有何首烏、生地、元參、山萸肉、枸杞子、黃精、麥冬、百部、女貞子、旱蓮草、太子參、人參、黃芪、茯苓、山藥、白術、黨參、黃連、黃芩、銀花、連翹、石膏、知母、羚羊角、水牛角、當歸、紫草、赤芍、丹參、梔子、柴胡、地骨皮、蜈蚣、杜仲、川斷、附子、肉桂、桂枝、青蒿、丹皮、甘草、澤瀉、豬苓等。
常用的單方則有雷公藤及其制劑。其中有雷公藤片、雷公藤多甙片、雷公藤糖漿、三藤飲等;昆明山海棠用于系統性紅斑狼瘡及盤狀紅斑狼瘡，在20世紀70~80年代曾有藥廠生產其片劑，每片含生藥50mg;青蒿及其制劑，對盤狀紅斑狼瘡有一定療效，其中制劑有青蒿丸、青蒿浸膏片等均為口服，而青蒿素則為注射劑，20世紀90年代應用已減少;另外有一些制劑如復方金蕎片、三蛇糖漿、五倍子和蜜陀僧散，紅花制劑、丹參制劑、大黃制劑等也在臨床應用。
